Для того чтобы отключить автоматический запуск скайп надо:
1. В скайпе зайти в меню инструменты - настройки
2. В открывшемся окне убрать две галочки.
Запускать скайп при запуске Windows
Автоматическая авторизация при запуске Skype
Подробнее на картинке
